Viele Ärzte haben jahrelang weder eine Umsatzsteuervoranmeldung noch eine Umsatzsteuerjahreserklärung abzugeben, da die normalen Umsätze aus der ärztlichen Tätigkeit einer unechten Befreiung von der Umsatzsteuer unterliegen. Voraussetzung dafür ist auch, dass sonst keine unternehmerische Tätigkeit wie z.B. die Vermietung oder Beratung ausgeübt wird und somit keine Anknüpfungspunkte zur Umsatzsteuer vorliegen. Die Leistungen aus der ärztlichen Tätigkeit sind nicht umsatzsteuerpflichtig, jedoch besteht auch keine Möglichkeit zum Vorsteuerabzug. Dies führt oft zu der falschen Annahme, dass Ärzte nie Umsatzsteuer zu zahlen haben. Doch eine Ausnahme von dieser Grundregel besteht in folgenden zwei Fällen:

• Bei innergemeinschaftlichen Erwerben und
• bei Fällen mit Übergang der Steuerschuld im Reverse Charge System.

Der Arzt wird zum innergemeinschaftlichen Erwerber, wenn er Einkäufe - beispielsweise für medizinische Geräte oder Behandlungsmaterialien - im EU-Raum tätigt und diese im Vorjahr die Grenze von 11.000 € überschritten haben oder im laufenden Jahr erstmalig die Grenze überschreiten. Bei dieser Grenze werden die Umsätze in allen EU-Ländern zusammengerechnet. Maßgeblich sind die Nettoentgelte, wobei neue Fahrzeuge und verbrauchsteuerpflichtige Waren nicht hinzugerechnet werden. Ist diese Grenze überschritten, wird der Arzt wie ein „normaler“ Unternehmer behandelt. Er muss eine UID-Nummer beantragen und erhält bei Vorliegen der übrigen Voraussetzungen eine steuerfreie Lieferung. Wie jeder andere Erwerber auch, hat der Arzt nun den innergemeinschaftlichen Erwerb zu versteuern und die USt zu entrichten. Im Gegensatz zu einem anderen „normalen“ Unternehmen steht ihm jedoch kein Vorsteuerabzug zu.

Nimmt der Arzt sonstige Leistungen aus dem Ausland entgegen, kann er auch schnell in ein Reverse Charge System verwickelt sein. Ist der Arzt nämlich Empfänger einer sonstigen Leistung, die von einem ausländischen Unternehmer erbracht wird (z.B. Beratungsleistung etc.) und gibt der Arzt seine UID-Nummer bekannt, so geht die Umsatzsteuerschuld für die Leistung des Ausländers auf den Arzt über („Empfängerort“-Prinzip bei Business to Business Leistungen). Der Arzt hat diese Schuld an das Finanzamt abzuführen, wobei ihm als Arzt wiederum kein Vorsteuerabzug aus dieser Leistung zusteht. Völlig überraschend werden diese Verpflichtungen für den Arzt allerdings nicht eintreten, da zuerst eine UID-Nummer beantragt werden muss und dabei vom Steuerberater auf diese umsatzsteuerlichen Konsequenzen hingewiesen wird.

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