Die Vermietung von Geschäftsräumlichkeiten ist unecht umsatzsteuerbefreit, womit der Verlust des Vorsteuerabzuges verbunden ist. Der Vermieter kann jedoch zur Umsatzsteuerpflicht (20%) optieren, um in den Genuss des Vorsteuerabzuges zu gelangen, was bei hohen Reparaturkosten und Investitionen von Vorteil sein kann. Für den vorsteuerabzugsberechtigten Mieter stellt die Vorsteuer ohnehin einen Durchlaufposten dar.
Dies gilt aber nicht für Ärzte, zumal diese selbst unecht umsatzsteuerbefreit sind und damit die Umsatzsteuer zum Kostenfaktor wird.
Werden die Geschäftsräumlichkeiten an nicht vorsteuerabzugsberechtigte Mieter vermietet, kann es sinnvoll sein, die Miete steuerfrei zu belassen, wenn mit dem Mieter vereinbart wird, dass die Kosten, die durch den Verlust des Vorsteuerabzugs entstehen, vom Mieter zu tragen sind. In dieser Vereinbarung sollten auch Vorsteuern künftiger Investitionen oder Großreparaturen berücksichtigt werden. Da diese Kosten meist nicht so einfach kalkulierbar sind, kommt es in der Praxis häufig zu einer pauschalen Abgeltung dergestalt, dass die Nettomiete um die halbe wegfallende Umsatzsteuer erhöht wird.
Die Option muss nicht für das gesamte Vermietungsobjekt angewendet werden. Es kann z.B. für Büros zur Umsatzsteuerpflicht optiert werden und die Arzt-Ordination ohne Umsatzsteuer vermietet werden. Der Vorsteuerbetrag ist dann entsprechend den Umsätzen in abzugsfähige und nicht abzugsfähige Beträge aufzuteilen, womit allerdings ein nicht unerheblicher Verwaltungsmehraufwand verbunden ist. Für den Vorsteuerabzug ist lt. Rz. 901 UStR jeder Veranlagungszeitraum für sich zu beurteilen.
Zu einem Nachteil des Vermieters kann es kommen, wenn die Immobilie umsatzsteuerpflichtig erworben oder errichtet worden ist. Dieser Vorsteuerabzug steht nämlich nur für umsatzsteuerpflichtige Vermietung zu. Kommt es daher innerhalb einer Frist von 10 Jahren zu einer umsatzsteuerfreien Vermietung, ist die geltend gemachte Vorsteuer anteilig zurückzuzahlen. Ein Wechsel zur Umsatzsteuerbefreiung sollte daher erst nach Ende dieser Frist erfolgen. Beim Wechsel aus der Umsatzsteuerbefreiung in die Steuerpflicht können hingegen aliquot nachträglich anteilige Vorsteuern geltend gemacht werden. Ähnlich verhält es sich auch bei bereits lukrierten Vorsteuern aus früheren Investitionen und Großreparaturen. Diese anteiligen Vorsteuer-Rückzahlungen sollten ebenfalls in die Vereinbarung mit dem Arzt aufgenommen werden.

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